Drottning Elizabeth kallades kolonisatör
Protesten ägde rum under måndagen då den nyvalda Thorpe motvilligt svor att tjäna den 96-åriga monarken, som fortfarande är Australiens statschef.
– Jag svär trohet till den koloniserande hennes majestät drottning Elizabeth II, sade Thorpe innan hon tillrättavisades och uppmanades läsa eden såsom den är skriven, vilket hon senare gjorde.
Australien var en brittisk koloni under mer än hundra år. Under den tiden dödades tusentals av Australiens aboriginer.
Mätningar visar att de flesta australier vill att landet blir en republik, men man är oense om hur statschefen i så fall skulle väljas.
Thorpe, som tillhör urbefolkningen, har också efterlyst sanning och försoning om det förflutna, och ett "fördrag" som juridiskt skulle erkänna aboriginernas historiska rätt till sin mark.
Rättad: I en tidigare version förekom en felaktig uppgift om att Thorpe var första senatorn från urbefolkningen.